Après avoir terminé ses études secondaires au lycée Saint-Jean de Lyon, Jean-Luc Boucherot a obtenu un diplôme d'études supérieures en biologie à l'université Claude Bernard de Lyon. Il a ensuite poursuivi ses études à l'école nationale de la recherche forestière (ENRF) et à l'université Pierre-et-Marie-Curie (UPMC).
En 1973, il obtient son doctorat en zoologie à l'université Paris-Sud. Deux ans plus tard, il a été nommé conservateur à la faculté des sciences de Vincennes, où il a travaillé pendant plusieurs années.
En 1982, Jean-Luc Boucherot devient le directeur du jardin botanique et zoologique d'Alger en Algérie. Il a occupé ce poste pendant près de vingt ans, jusqu'en 2001. Durant cette période, il a mené des études approfondies sur la faune herpétologique algérienne et a créé plusieurs programmes de protection pour les tortues et les serpents en danger dans le pays.
En 2001, Jean-Luc Boucherot a été nommé directeur du jardin des plantes à Paris. Il occupe ce poste jusqu'en 2018, où il prend sa retraite. Durant son mandat, il a continué ses recherches sur les reptiles et a également travaillé pour protéger la biodiversité dans le monde entier.
Jean-Luc Boucherot est considéré comme un expert international des reptiles, et a été invité à donner des conférences sur le sujet partout dans le monde. Il a également écrit plusieurs livres sur les reptiles et les amphibiens, ainsi que des articles pour des revues scientifiques internationales.
En 2018, il est nommé professeur honoraire à l'université Paris-Sud et à l'école nationale de la recherche forestière (ENRF). Il continue à travailler sur les reptiles et à s'impliquer dans des projets de conservation en France et à travers le monde.