En 1987, Jean-François Viguie réalise son premier long métrage intitulé "La Guerre des tuques 2 : La Grande Blanche". Il s'agit d'une suite de la célèbre série télévisée "La Guerre des tuques" (1979) qui a marqué la jeunesse québécoise. Son travail est salué par le public et il obtient plusieurs prix, dont un Prix Jutra pour les meilleurs effets spéciaux.
En 1989, Jean-François Viguie réalise "Le Maître du Haut Château", qui raconte l'histoire de Gabriel Dumont (un héros québécois) et de ses luttes contre le gouvernement canadien pour la défense des droits et intérêts de la population française au Manitoba. Le film est un succès commercial et critique.
En 1992, Jean-François Viguie réalise "Les Boys", qui raconte l'histoire d'un groupe d'adolescents qui fondent une équipe de hockey pour participer à un tournoi local. Le film est un succès populaire et il obtient un Prix Jutra pour le meilleur film.
En 1995, Jean-François Viguie réalise "La Guerre des tuques 3 : Les Héritiers", qui met en scène une nouvelle génération de jeunes Québécois qui doivent affronter les défis d'un monde moderne. Le film est un énorme succès commercial et critique et obtient plusieurs prix, dont un Prix Génie (prix canadien du cinéma) pour le meilleur film de langue française.
En 1997, Jean-François Viguie réalise "Le Maître du Haut Château 2 : La Loi des clans", qui continue l'histoire de Gabriel Dumont et de ses luttes contre le gouvernement canadien pour la défense des droits et intérêts de la population française au Manitoba. Le film est un succès commercial et critique.
En 1998, Jean-François Viguie réalise "Le Maître du Haut Château 3 : La Grande Peur", qui met en scène la poursuite de Gabriel Dumont par le gouvernement canadien après que ce dernier ait mené une révolte contre le gouvernement et la police. Le film est un succès commercial et critique.
En 2001, Jean-François Viguie réalise "Les Boys 2", qui met en scène les aventures de l'équipe des "Boys" dans une nouvelle saison de hockey. Le film est un énorme succès commercial et critique.
Jean-François Viguie continue de travailler dans le cinéma et la télévision québécois, réalisant plusieurs autres films et séries télévisées. Il est considéré comme l'un des réalisateurs les plus importants du Québec et a une grande influence sur la culture populaire québécoise.