Après une carrière de footballeur amateur dans les années 1970, Jean-Christophe Lafaille se consacre pleinement à l'alpinisme au début des années 1980. Il réalise de nombreuses premières ascensions dans les Alpes françaises et en Andorre ainsi qu'au Mont Blanc.
En 1985, il participe à une expédition française sur le Kangchenjunga, où il atteint la barre des 8 000 mètres pour la première fois. L'année suivante, il effectue sa première ascension du Cho Oyu (8 153 m) en Himalaya, avant de participer à l'expédition française sur le Mont Everest en 1988.
La même année, Jean-Christophe Lafaille monte avec Reynold Heil et Jean-Marc Boivin la voie directe de la face nord du Mont Blanc, une ascension considérée comme l'une des plus remarquables de l'histoire de l'alpinisme.
En 1989, il participe à nouveau au Mont Everest, où il établit un record de vitesse montée et descente en atteignant le sommet du mont en 7 heures et demie et descendant jusqu'au camp de base en 5 heures.
En 1993, il réalise une première ascension hivernale de l'Annapurna II (8 091 m) avec Patrick Gabarrou. Il effectue également la première traversée du Makalu (8 462 m), l'année suivante.
En 1997, Jean-Christophe Lafaille atteint la barre des 8 000 mètres pour la dixième fois avec une ascension de l'Annapurna IV (8 091 m), un record en France à l'époque.
En 2005, il est victime d'une chute dans les Dolomites italiennes qui lui cause des lésions cérébrales et des blessures graves aux jambes. Bien qu'il ne puisse plus pratiquer l'alpinisme de haut niveau, Jean-Christophe Lafaille se consacre à la promotion de cette activité et à l'écriture de livres sur le sujet.
Il est également membre du comité directeur de la Fédération française de la montagne et de l'escalade (FFME) et donne régulièrement des conférences sur son expérience d'alpiniste professionnel.