Jean Bernoulli est le deuxième fils de Jacques Bernoulli et le frère de Jacques Ier, Jean Ier, Nicolas Ier, Daniel Ier et Jacob II Bernoulli. La famille Bernoulli fut l'une des plus importantes dynasties de mathématiciens de l'histoire.
Jean Bernoulli étudie à l'Université d'Étude de Groningen avant de suivre les traces de son père et de ses frères en Suisse pour poursuivre ses études à l'Université de Basel, où il obtient son doctorat en 1687. Il travaille ensuite comme professeur à l'Académie de Leyde et à l'Université de Basel.
Ses principaux travaux comprennent la résolution d'une équation différentielle définie par Isaac Newton, les travaux sur le calcul des variations, ainsi que la mécanique rationnelle. Il a également travaillé dans le domaine de l'optique, notamment en collaboration avec Christiaan Huygens pour expliquer la réfraction de la lumière.
En 1706, Jean Bernoulli publie le fameux problème du pont de Saint-Pierre, qui consiste à trouver une courbe inversible qui passe par trois points donnés et dont la longueur est minimale. Il est également connu pour avoir posé le fameux problème des nombres, dans lequel il propose une méthode de calcul de l'approximation rationnelle de la racine carrée de 2 à partir de la suite géométrique qui porte son nom.
Jean Bernoulli a également été un pionnier dans l'application des mathématiques à la physique et à l'ingénierie, notamment en travaillant sur les problèmes liés à la résistance de la matière, aux fluides en mouvement et au calcul des forces.
Enfin, Jean Bernoulli est également connu pour son livre "Hydraulica" (1743), dans lequel il présente une théorie de la résistance des eaux courantes qui reste toujours valide à ce jour. Ce livre a été considéré comme un classique de la littérature hydraulique.