Après des études à l'École supérieure des beaux-arts de Toulouse, il commence sa carrière en 1982 comme photographe de mode pour les principales marques de prêt-à -porter et de luxe. Il collabore avec des magazines tels que Vogue, Harper's Bazaar, i-D et Numéro.
En 1990, il réalise sa première exposition personnelle à la galerie Yvon Lambert à Paris, intitulée "Jean-Baptiste Mondino: Images de Mode". La même année, il publie son premier livre "Jean-Baptiste Mondino: Images de Mode" qui est un grand succès.
En 1992, il réalise sa première campagne publicitaire pour H&M. Cette collaboration continue jusqu'à aujourd'hui et est considérée comme l'une des plus longues et les plus fructueuses du milieu de la mode. Il travaille également pour de nombreuses marques prestigieuses telles que Chanel, Yves Saint Laurent, Dior, Givenchy, Louis Vuitton et Prada.
En 1998, il réalise le clip vidéo "Frozen" pour Madonna, qui est un grand succès et marque le début de sa carrière dans la réalisation de clips vidéo pour des artistes tels que Justin Timberlake, Kanye West, Rihanna, Lady Gaga et Beyoncé.
En 2006, il publie "Mondino's World", un livre regroupant ses travaux réalisés entre 1985 et 2004.
Depuis plusieurs années, Jean-Baptiste Mondino est également l'ambassadeur de la Croix-Rouge française et participe activement à diverses actions caritatives.
En 2017, il publie "Mondino's Music", un livre regroupant ses travaux réalisés dans le domaine musical.
Jean-Baptiste Mondino est également membre de l'Académie des Beaux-Arts de l'Institut de France depuis 2017. Il a été nommé à la place de Jean-Paul Goude, qui démissionne cette année-là .