Après avoir appris le métier d'épicier auprès de son père et de ses oncles, Jean-Baptiste Mazoyer a commencé sa carrière comme chef cuisinier à l'âge de 23 ans au restaurant Maxim's de Paris. Il est rapidement reconnu pour sa remarquable technique culinaire et son sens du goût.
En 1970, il a ouvert son premier restaurant, "L'Ardoise", situé à Ville-d'Avray, dans les Yvelines. Le restaurant est rapidement devenu un lieu prestigieux pour les amateurs de gastronomie française et a permis à Jean-Baptiste Mazoyer de se faire connaître du grand public.
En 1985, il a créé une école de cuisine à Ville-d'Avray, l'École Mazoyer, qui est toujours active aujourd'hui. L'école a formé plusieurs générations de chefs cuisiniers français et a permis à Jean-Baptiste Mazoyer de partager son expérience et sa passion pour la gastronomie.
Jean-Baptiste Mazoyer est également l'auteur d'une série de livres consacrés à la cuisine française, dont "Le Livre Blanc" et "La Cuisine de Jean-Baptiste Mazoyer". Les livres ont été traduits en plusieurs langues et ont été utilisés comme référence pour les chefs cuisiniers à travers le monde.
En 1998, il a reçu une étoile au guide Michelin pour son restaurant "Jean-Baptiste Mazoyer", situé à Saint-Rémy-l'Honoré, dans l'Essonne. Le restaurant a été classé dans le top 50 des meilleurs restaurants de France et a permis à Jean-Baptiste Mazoyer de se consacrer à son art jusqu'à son retrait en 2017.
Aujourd'hui, Jean-Baptiste Mazoyer est considéré comme un grand maître de la gastronomie française et continue d'être une référence pour les chefs cuisiniers de tous les horizons.