Jane Wagner est née sous le nom de Janet Susan Cohen dans une famille juive new-yorkaise. Après des études à l'Université du Colorado, elle a travaillé comme actrice avant de se tourner vers la scénariste et la production pour la télévision. Elle a écrit et produit des sketches humoristiques et des séries télévisées telles que "The Grover and Jan Show" (1967-1968) avec son partenaire de longue date, Grover Dale Jones, ainsi que "The Powers That Be" (1982-1983).
En 1969, elle rencontre Divine et commence à travailler avec lui. Les deux ont rapidement formé une solide équipe de création artistique. Jane Wagner a écrit la plupart des dialogues de Divine et coécrit les scénarios de ses films et spectacles. Elle a également produit plusieurs projets avec Divine, tels que le film "Female Trouble" (1974) et le spectacle de cabaret "Neon Genesis: A Divine Extravaganza" (1983).
Jane Wagner et Divine se sont mariés en 1965. Ils ont vécu ensemble jusqu'à la mort de Divine en 1988. Jane Wagner a continué à travailler dans le divertissement après la disparition de Divine, mais elle a réduit sa production artistique pour se concentrer sur des projets plus personnels. Elle a écrit et produit la pièce de théâtre "The Search for Signs of Intelligent Life in the Universe" (1985), qui a été jouée avec succès à Broadway en 1987, avec Lily Tomlin dans le rôle principal.
Jane Wagner est considérée comme une figure importante dans le monde du divertissement et de la culture LGBT. Elle a reçu plusieurs récompenses pour son travail, notamment un Primetime Emmy Award et deux Writers Guild of America Awards. En 2015, elle a été intronisée au Hall of Fame de la télévision américaine pour ses contributions à l'industrie du divertissement.