Après des études littéraires à l'Université de Franche-Comté, elle obtient son diplôme d'études supérieures en 1985. La même année, elle commence à travailler comme assistante sociale dans un centre pour enfants handicapés. C'est là qu'elle découvre sa passion pour l'écriture et les livres jeunesse.
En 1990, Isabelle Fouillot publie son premier roman, "Les Enfants du vent", qui est une nouvelle édition d'une histoire racontée à ses propres enfants. Le succès de cet ouvrage lance sa carrière littéraire et elle devient rapidement une des auteures les plus populaires pour la jeunesse en France.
Depuis lors, elle a publié plus de 60 livres, qui ont toutes été traduits dans plusieurs langues. Ses livres traitent principalement de thèmes tels que l'amitié, le courage et les difficultés rencontrées par les enfants et les adolescents. Elle est également connue pour son sens aigu de l'observation et sa capacité à écrire des histoires qui sont clairement inspirées de sa propre vie et de ses expériences.
Isabelle Fouillot est aussi active dans le domaine de la littérature populaire. Elle a notamment collaboré avec le scénariste François Welgryn à l'écriture de romans adaptés pour la télévision, comme "La Petite Fille en rouge" et "Les Enfants du vent".
Elle est également connue pour son engagement social. Elle a créé une fondation, Les Enfants d'Isabelle Fouillot, qui apporte son soutien aux enfants handicapés à travers le monde. Elle est également membre de l'Association française des auteurs de livres jeunesse (AFAL).
En 2018, elle a reçu le Prix Renaudot des lycéens pour son dernier roman "L'Oiseau bleu", qui raconte l'histoire d'une fille qui doit faire face à un cancer et son parcours vers la guérison. Ce livre a été salué par la critique pour sa sensibilité, sa profondeur émotionnelle et sa capacité à aborder le thème du cancer avec honnêteté et sans artifices.
Aujourd'hui, Isabelle Fouillot est considérée comme l'une des plus grandes auteures de livres pour enfants et adolescents en France. Ses ouvrages sont toujours très attendus par les lecteurs et la critique, et elle continue à publier chaque année des nouvelles histoires qui font écho à la vie des jeunes gens et aux difficultés qu'ils rencontrent dans leur parcours.