Il a commencé sa carrière dans l'audiovisuel en travaillant pour la télévision française, notamment au sein de la chaîne France 2. Il a écrit et réalisé des émissions pour la jeunesse telles que "Salut les copains" et "Zouzous".
En 1994, il coécrit avec Laurent Tuel une comédie musicale intitulée "Charlie et la Fabrique de Chocolat", adaptée du roman de Roald Dahl. Cette comédie musicale connaît un grand succès en France et est représentée sur plusieurs scènes en France, ainsi que à New York et en Corée du Sud.
En 1996, Bertrand Heyberger tourne son premier long-métrage : "La Petite Vendeuse de Milk", un film d'aventure pour la jeunesse inspiré de l'histoire vraie de Jeanne Bourras, une fillette française qui a réussi à faire face aux nazis pendant la Seconde Guerre mondiale. Ce film connaît également un grand succès en France et est primé dans plusieurs festivals internationaux.
En 2001, Bertrand Heyberger écrit et réalise "Le Pacte des loups", un film d'aventure historique se déroulant au Moyen Âge. Ce film connaît également un grand succès en France et est nommé à plusieurs reprises aux Césars, les plus prestigieux prix cinématographiques français.
En 2016, Bertrand Heyberger réalise "Les Derniers Jours de Notre Belle Mère", un film dramatique basé sur le roman éponyme d'Anne Garréta. Ce film est présenté en sélection officielle à la Berlinale.
Bertrand Heyberger poursuit une carrière prolifique et remporte plusieurs prix pour ses réalisations dans le domaine de l'audiovisuel et du cinéma. Il continue d'écrire, de réaliser et de produire des films destinés à un large public, notamment les enfants et la jeunesse.