Helène de Chappotin a étudié au Lycée Henri-IV, puis a obtenu un diplôme de l'Institut d'études politiques de Paris (Sciences Po) en 1983. Elle a ensuite poursuivi des études supérieures à l'Université Harvard où elle obtint une maîtrise en littérature comparée en 1985.
Sa carrière professionnelle a commencé au sein de la rédaction du quotidien Le Monde, où elle a travaillé pendant plusieurs années jusqu'en 2007. En 2003, elle a rejoint le quotidien Libération en tant que chef de la rubrique "Société" et a contribué à la création de la section "Médias" du journal. Elle a également été une collaboratrice régulière de la revue Esprit.
En 2015, Helène de Chappotin a publié son premier roman, "Les Mille et Une Nuits d'Helga", qui a rencontré un grand succès critique. Le livre raconte l'histoire d'une journaliste qui enquête sur les activités de la sécurité intérieure française dans les années 1980.
En 2017, elle a publié "Le Sang des poètes", un récit autobiographique sur son enfance à Paris et sa rencontre avec la littérature. Le livre a été salué par la critique pour son style éloquent et introspectif.
En plus de son activité d'écrivaine, Helène de Chappotin est également une conférencière régulière et intervient sur des sujets tels que la liberté de la presse, les médias et le journalisme en France et dans le monde.
En 2019, elle a reçu le prix Goncourt pour son roman "Le Retour du Roi K.", qui raconte l'histoire d'un ancien roi d'Afrique ayant fui son pays pour échapper à la dictature qui y règne et s'installe en France. Le livre a été salué par la critique pour sa force narrative et son exploration de questions telles que l'identité, la mémoire collective et le pouvoir politique.