Il a commencé sa carrière dans les années 80 en écrivant des scénarios pour des émissions de télévision telles que Les Cinq Dernières Minutes et Série Noire. En 1984, il fait ses débuts au cinéma en coécrivant le film Le Père Noël est une ordure avec Jean-Marie Poiré.
En 1992, Gerard Guegan réalise son premier long métrage : Les Rivières pourperées. Le film reçoit de bonnes critiques et attire l'attention sur le jeune réalisateur. Deux ans plus tard, il réalise La Famille Bontemps, qui remporte également un certain succès auprès du public et des critiques.
En 1997, Gerard Guegan sort la comédie policière L'Hermine avec Michel Serrault, Virginie Ledoyen et Jérémie Renier. Le film est un énorme succès commercial et confirme la réputation de Gerard Guegan en tant que réalisateur talentueux.
En 2000, il réalise la comédie Les Rois mages avec Lambert Wilson, Isabelle Carré et Charles Berling. Le film est un succès critique et commercial et confirme encore plus sa réputation.
En 2003, Gerard Guegan adapte pour l'écran le roman de Michel Bussi, Le Jardin des fous. Le film reçoit de bonnes critiques et attire l'attention sur l'auteur Michel Bussi.
En 2013, Gerard Guegan sort la comédie L'Apollonide, Soho avec Déborah François, Stéphane Freiss et Nathalie Baye. Le film est un énorme succès critique et commercial et confirme sa réputation de réalisateur talentueux.
Aujourd'hui, Gerard Guegan continue à travailler dans le monde du cinéma et de la télévision. Il a déjà réalisé une douzaine de films et a gagné plusieurs prix, notamment un César en 1993 pour La Famille Bontemps.