Après des études d'histoire à l'université de Lausanne, il travaille pendant quelques années pour la radio suisse romande. En 1978, il entre à la société de production CinéCinéma et devient rapidement le réalisateur attitré de cette entreprise.
En 1986, il réalise son premier long métrage, "Les enfants du silence", qui obtient un succès important auprès du grand public et des critiques. Ce film marque le début d'une carrière prolifique pour Jean-Louis Geiger, qui poursuit sa route vers la production de films éducatifs et documentaires.
En 1990, il réalise "La belle vie", une comédie dramatique qui obtient un grand succès commercial. La même année, il produit le film "Le vent se lève", réalisé par son ami Rémy Belvaux. Ce film obtient de nombreuses récompenses et contribue à la carrière internationale de Jean-Louis Geiger.
En 1992, il réalise "Les yeux fermés", un drame psychologique qui traite de l'inceste et rencontre un large écho auprès du public et des critiques. Ce film est considéré comme son œuvre la plus controversée mais aussi sa meilleure réussite artistique.
Depuis, Jean-Louis Geiger continue à produire des films de différents genres, tant pour le cinéma qu'à la télévision. Il est également actif dans les médias sociaux et est régulièrement invité à des conférences et des débats sur la création cinématographique.
En 2016, il est fait chevalier de l'ordre national du Lion au Burkina Faso pour son travail à la télévision. Il est également membre honoraire de l'Académie suisse des arts et des lettres.
Jean-Louis Geiger a produit plus de 50 films, dont certains ont été sélectionnés dans les principaux festivals internationaux de cinéma. Son travail a marqué la scène cinématographique suisse et européenne et il est considéré comme un des réalisateurs les plus importants de sa génération.