En 1988, il crée son premier album de bande dessinée intitulé "Le Boucher" qui est paru chez Lombard. Cette histoire met en scène un personnage appelé Gaston Lagaffe, un jeune homme qui a la particularité d'avoir une langue qui ne cesse de parler.
En 1989, il collabore avec le scénariste Yann pour créer "Nono", une bande dessinée humoristique qui est parue chez Dargaud et a connu un grand succès. Cette histoire met en scène Nono, un jeune homme naïf et un peu gaffeux qui se lance dans de nombreuses aventures et rencontre de nombreux personnages intéressants.
En 1992, il crée "Boule & Bill", une bande dessinée humoristique pour enfants avec le scénariste Pierre-Edouard Alexandre. Cette histoire met en scène Boule, un petit chien et son ami Bill, un aigle, qui partent à la découverte du monde et rencontrent de nombreux animaux et personnages sur leur chemin.
En 2008, il crée "Les Mondes de Géronimo Stark", une série de bande dessinée science-fiction avec le scénariste Nicolas Mahler. Cette histoire met en scène Géronimo Stark, un jeune homme qui voyage dans l'espace et rencontre de nombreux aliens et mondes étranges.
En 2015, il crée "Les Mondes de Géronimo Stark : L'Odyssée d'Eden", une nouvelle série de bande dessinée science-fiction avec le scénariste Nicolas Mahler. Cette histoire met en scène Géronimo Stark qui doit trouver la solution pour sauver la planète Eden, un monde paradisiaque qui se trouve sur le point d'être détruit par les humains.
Gilles Goujon est un auteur talentueux qui possède une grande maîtrise des techniques de dessin et une imagination fantastique. Son travail est très apprécié par les enfants et les adultes, et il est considéré comme l'un des grands auteurs de bande dessinée franco-belge actuel.