En 1995, il a réalisé son premier long-métrage, "Le Secret de Mona", qui a connu un certain succès critique et commercial. C'est avec ce film qu'il a gagné sa réputation et a commencé à être considéré comme un talent important du cinéma français.
En 1998, il a réalisé "L'Amour en héritage", son deuxième long-métrage, qui a été acclamé par la critique pour sa délicatesse et sa subtilité. Ce film a été nommé pour plusieurs prix internationaux et a gagné le César du meilleur film.
En 2001, il a réalisé "L'Ombre d'un soupçon", qui a reçu des critiques mitigées mais a gagné un grand public grâce à son intrigue suspenseuse et à ses interprètes talentueux.
En 2004, il a réalisé "Le Secret de ma mère", une histoire inspirée de sa propre enfance qui a été acclamée par la critique pour sa beauté émouvante et son intensité. Ce film a gagné plusieurs prix internationaux et a reçu deux nominations aux Césars.
En 2012, il a réalisé "La Vie d'une autre", une histoire d'amour complexe qui a été acclamée par la critique pour sa fraîcheur et sa sincérité. Ce film a gagné plusieurs prix internationaux et a reçu un César du meilleur scénario original.
En 2018, il a réalisé "Le Secret de ma vie", une histoire autobiographique qui raconte son parcours dans le cinéma et les défis qu'il a rencontrés tout au long de sa carrière. Ce film a reçu des critiques élogieuses pour sa sincérité et son introspection.
En plus de son travail de réalisateur, Jean-Paul Franiatte est également connu pour ses activités de scénariste et de producteur. Il a également écrit plusieurs livres qui ont été acclamés par la critique.