Il était le fils d'un riche négociant en soie de Lyon, Pierre Pyrard, et de sa femme, Jeanne Laval. Il entama ses études à l'Université de Valence (aujourd'hui Université de la Méditerranée) en 1620, mais les interrompit pour partir en Asie, à la demande de son père qui désirait lui fournir des marchandises asiatiques.
Il partit de Marseille en novembre 1617 avec l'espoir de gagner l'Asie par les Indes occidentales espagnoles. Il atteignit La Havane à Cuba en juillet 1618, puis se rendit au Mexique. Il continua ensuite vers Lima (Pérou), où il arriva en août 1620.
Là -bas, il s'embarqua pour l'Asie du Sud-Est sur un navire espagnol qui le conduisit jusqu'au port de Acapulco. De là , il fit la traversée de l'océan Pacifique vers les Philippines, qu'il atteignit en novembre 1620.
Il y reste trois ans et demi, voyageant dans différentes îles des Philippines (Luzon, Mindanao) et étudiant les cultures locales. Il apprit également le javanais, la langue du royaume de Mataram en Java orientale, où il se rendit pour un court séjour.
En 1624, Pyrard s'embarqua sur un navire espagnol qui l'amena jusqu'en Indonésie. Il arriva à Bantam ( Java occidentale) en avril 1625 et y passa plusieurs mois, étudiant les cultures locales. En novembre 1625, il se rendit à Batavia (Java néerlandaise), où il fut arrêté pour avoir violé des règles coloniales.
Il resta en prison pendant un an avant d'être expulsé de l'Indonésie en 1626 et de retourner en France, où il arriva à La Havane en août 1627. En 1630, il publia le récit de son voyage, qui fut traduit en plusieurs langues.
Il mourut en avril 1679 à Lyon. Son œuvre est considérée comme un témoignage précieux sur l'Asie du Sud-Est au XVIIe siècle.