Il a commencé sa carrière en réalisant plusieurs courts métrages, dont *Le Soupir* en 1987, qui a remporté le Prix Jutra du meilleur court-métrage et le Grand Prix au Festival international du film de Locarno.
Son premier long-métrage, *Les heures Mortes*, sorti en 1990, lui a valu d'être nommé pour l'Oscar du meilleur film étranger. Il a également réalisé *32 Short Films About Glenn Gould* en 1993, un film documentaire sur le pianiste canadien Glenn Gould.
En 1995, Girard réalise *La Discorde des ombres*, qui rencontre un grand succès critique et populaire et lui vaut d'être nommé à l'Oscar du meilleur réalisateur. Le film est également sélectionné pour représenter le Canada lors de la 67e cérémonie des Oscars.
En 1998, Girard réalise *Le Douzième Apôtre*, un film sur la vie de Jean-Paul II. Le film a été nommé à l'Oscar du meilleur film étranger et a remporté le César du meilleur film étranger.
En 2001, il réalise *La Révolution française*, un film qui raconte la révolution française de 1789 jusqu'à la chute de Robespierre en 1794. Le film a été sélectionné pour représenter le Canada lors de la 74e cérémonie des Oscars.
En 2006, Girard réalise *Le silence de l'Abyss*, qui raconte l'histoire d'un couple qui cherche à trouver leur fille disparue dans un village du Canada arctique. Le film a été sélectionné pour représenter le Canada lors de la 79e cérémonie des Oscars.
En 2013, il réalise *Hochelaga*, une mini-série sur l'histoire de Montréal. La même année, il est nommé officier de l'Ordre national du Québec.
En 2016, Girard réalise *La Fille en pièces*, un film d'horreur qui a remporté le prix Iris du meilleur film et du meilleur réalisateur au Festival international du film de Toronto.