Après des études à l'Institut des hautes études cinématographiques (IDHEC), François Charlès a commencé sa carrière dans les années 1970 en réalisant de courts métrages avant d'obtenir un grand succès critique et commercial avec son premier long métrage, "Les Chinois" en 1980. Ce film remporta le prix Jean-Vigo pour le meilleur premier film.
François Charlès a ensuite réalisé une série de films qui ont reçu un large écho critique et ont été présentés dans les plus grandes festivals cinématographiques, tels que "La Balance" (1983) et "La Grande Vadrouille" (1984).
En 1988, François Charlès a réalisé son plus grand succès commercial avec le film "Les Nouveaux Riches", qui a généré un chiffre d'affaires de 20 millions de francs et a reçu des éloges de la part de critiques et du public. Ce film est considéré comme l'un des meilleurs films de comédie de l'histoire du cinéma français.
En 1989, François Charlès a remporté le prix César pour le meilleur réalisateur pour son film "Le Crime est notre affaire". Ce film a également été nommé dans dix-sept catégories aux cérémonies des Césars.
Depuis lors, François Charlès a continué à produire des films qui ont été salués par la critique et ont connu un succès commercial, tels que "La Maison de l'angoisse" (1992), "Le Plus bel espoir du monde" (1993) et "Ma femme est une actrice" (2001).
François Charlès a également été engagé dans divers projets télévisuels, tels que la mini-série "L'Affaire Dreyfus" en 1994.
En 2018, François Charlès a réalisé son dernier film à ce jour, "La Reine margouillat", qui a été un énorme succès critique et commercial. Ce film est considéré comme l'un des meilleurs films français de l'année.
François Charlès a reçu plusieurs distinctions pour son travail, notamment trois prix César, le grand prix du jury au festival international du film de Locarno et le prix Jean-Vigo pour le meilleur premier film. En 2014, il a été nommé chevalier dans l'ordre national du Mérite.