Il a grandi dans une famille modeste où il a appris très tôt à s'amuser et à faire rire. À l'adolescence, son père meurt dans un accident de voiture, ce qui lui laisse une énorme trace. Il se tourne vers le théâtre pour se consoler, et c'est en 1984 qu'il débute sur scène à l'École Nationale Supérieure d'Arts de Toulouse.
En 1986, il rejoint la compagnie de Jean-Michel Ribes, dont il reste membre jusqu'en 1994. Durant cette période, il apparaît pour la première fois à la télévision dans l'émission *Les Ribettes*, et obtient son premier rôle important au cinéma en jouant le jeune policier de "Le grand bleu" (1988).
Avec Laurent Baffie, il crée *L'Émission des vendredis* sur Canal+ en 1992, puis la série *Les Guignols de l'info* l'année suivante. Il est à ce jour le seul auteur de tous les textes de la série. En 1998, il participe au scénario du film *La Cité de la peur* de Samuel Bodin et, en 2000, il crée son propre one-man show intitulé *C'est pas le même que les autres*.
En 2001, il coécrit avec Michel Vauzelle le scénario du film *Le Pacte des loups*, réalisé par Christophe Gans. En 2003, il crée *Faut que ça danse !* sur France 2, qui connaît un grand succès public et critique.
En 2016, il publie ses mémoires intitulés *Il était une fois François Bergougnou*. En 2020, il participe à la création de l'émission *La Grosse Émission* sur C8, qui reçoit un accueil critique mitigé.
Avec une carrière éclectique, François Bergougnou est considéré comme un acteur et un humoriste emblématiques de la France contemporaine, ainsi qu'un des meilleurs auteurs français pour la télévision.