En 1988, il réalise son premier court métrage, "Jolie Fille", suivi en 1993 de son premier long métrage, "Rafigue". Ce film est présenté au Festival de Cannes la même année et marque le début d'une collaboration prolifique avec l'acteur Richard Berry.
En 1995, il réalise "La Petite Voleuse", qui obtient un grand succès commercial en France, avec plus de 2 millions de spectateurs. Ce film marque la consécration de François Jean-Paul et est considéré comme l'un des films les plus importants du cinéma français à cette époque.
En 1997, il réalise "Coup de Foudre", une comédie romantique qui obtient un vif succès auprès du public et du critiques. Le film est sélectionné pour la Palme d'Or au Festival de Cannes cette année-là .
En 1998, il réalise "La Crème de la crème", une comédie qui obtient un large succès commercial et critique en France. Ce film marque le retour des acteurs Richard Berry et Richard Anacon dans les rôles principaux.
En 2000, il réalise "Le Dernier Sourire", qui est sélectionné au Festival de Cannes cette année-là . Ce film marque un tournant dans la carrière de François Jean-Paul, avec une approche plus sombre et plus mature.
En 2001, il réalise "Le Petit Lieutenant", qui obtient un grand succès critique en France et est sélectionné au Festival de Cannes cette année-là . Ce film est considéré comme l'un des meilleurs films français à ce jour.
En 2006, il réalise "Les Bronzés 3", la suite de la trilogie débouchant sur une comédie musicale. Ce film obtient un vif succès commercial en France et est considéré comme l'un des plus grands succès du cinéma français à cette époque.
En 2013, il réalise "Un Homme et Une Femme", qui obtient un large succès critique en France et est sélectionné au Festival de Cannes cette année-là . Ce film marque le retour des acteurs Jean-Louis Trintignant et Emmanuelle Riva dans les rôles principaux.
En 2015, il réalise "La Tête Haute", une comédie dramatique qui obtient un vif succès critique en France et est sélectionnée au Festival de Cannes cette année-là . Ce film marque le retour des acteurs Richard Berry et Richard Anacon dans les rôles principaux.
François Jean-Paul est considéré comme l'un des réalisateurs les plus importants du cinéma français à ce jour. Ses films sont connus pour leur humour, leurs thèmes récurrents (comme la Martinique et le quartier populaire parisien de la Goutte d'Or), et pour la présence récurrente des acteurs Richard Berry, Richard Anacon, Jean-Louis Trintignant et Emmanuelle Riva.