Avant de se consacrer entièrement au cinéma, Faure-Soulet a exercé diverses activités professionnelles, notamment en tant que journaliste pour le magazine "Paris Match". Son entrée dans l'industrie du cinéma est considérée comme tardive car il n'a écrit et réalisé son premier long-métrage qu'à 40 ans.
"Les Enfants du marais", son film de 1986, a été acclamé par la critique pour son traitement de l'homosexualité dans un contexte historique. Le film raconte l'histoire d'amour entre deux jeunes hommes vivant dans le Marais, quartier historique de Paris au XVIIe siècle. Il a reçu plusieurs récompenses dont le César du meilleur premier film en 1987 et le prix Louis-Delluc la même année.
En 1990, Faure-Soulet a réalisé "Le Miroir à deux faces", un thriller psychologique qui retrace l'histoire de Charlotte, une femme trompée par son mari et qui se venge de lui avec l'aide d'un inspecteur. Le film a été sélectionné en compétition pour les Oscars 1990 et a reçu un prix César pour la meilleure actrice dans le rôle principal, interprété par Judith Henry.
L'un de ses films les plus connus est "La Reine Margot" (1994), une adaptation du roman éponyme de Alexandre Dumas fils. Le film retrace l'histoire de la reine Margot de Valois, son mariage avec le roi Henri III de Navarre et leur tentative de résoudre la guerre de Religion en France au cours du XVIe siècle. Le film a été acclamé par la critique et a reçu plusieurs récompenses, dont trois prix Césars en 1994 : celui du meilleur film, de la meilleure réalisation pour Faure-Soulet et de la meilleure actrice dans le rôle de Margot, interprété par Virginie Thévenet.
Outre ses activités de réalisateur, Jean-Paul Faure-Soulet a également écrit des scénarios pour d'autres films, tels que "Le Péril jaune" (1998) et "La Vérité si je la connais" (2001). Il est également membre de l'Académie des Beaux-Arts à partir de 2005.