En 1804, Vidocq a été arrêté à nouveau et a été condamné pour vol et incendie. Cependant, en reconnaissance de ses services militaires pendant les Guerres de la Révolution française, il a été gracié par Napoléon Ier et recruté par la police secrète du Premier Consul (qui deviendra plus tard la Sûreté nationale). Vidocq est devenu rapidement un agent remarquable de la police, utilisant ses connaissances de la criminalité pour arrêter des voleurs notoires.
En 1827, Napoléon Ier a nommé Vidocq directeur du premier quartier de police de Paris, la préfecture de Police. Deux ans plus tard, en 1829, Vidocq a fondé le "Bureau des Renseignements Centraux", qui deviendra plus tard la Sûreté nationale française. Il a également ouvert un dépôt de renseignement à Lille en 1830 et un autre à Rouen en 1842.
En 1831, Vidocq a quitté la police pour fonder une entreprise commerciale nommée "Vidocq le Jeune" (les enfants de Vidocq). Le commerce comprenait des bureaux d'enquête privés et un centre d'assistance judiciaire, ainsi que des ateliers de correction pour les jeunes délinquants.
En 1842, après avoir été à nouveau emprisonné pour une affaire financière, Vidocq a été gracié par le roi Louis-Philippe Ier et a été autorisé à reprendre ses activités d'enquête privée et de correction. Il a également écrit son autobiographie intitulée "Mémoires d'un mauvais garçon" ("Memoires of a Bad Boy").
Eugène François Vidocq est décédé en 1857 à l'âge de 82 ans. Il a été considéré comme un pionnier dans le domaine de la criminalité et de la police moderne, et son travail continue d'être reconnu et étudié jusqu'à aujourd'hui.