Originaire du Réserve Mohawk de Brantford en Ontario, elle grandit dans un environnement bilingue anglais-mohawk. Sa mère était une anglo-canadienne et son père un chef mohawk. Elle a été élevée dans la tradition mohawk mais a également reçu une éducation anglo-saxonne.
Emily Pauline Johnson est devenue célèbre en publiant des poèmes dans des magazines canadiens et américains à partir du milieu des années 1880. Ses poèmes, qui ont pour thème la vie autochtone, sont marqués par leur sensibilité et leur dévotion aux traditions mohawk. Elle a également écrit des romans historiques, dont le plus connu est "Le Feu et l'Eau" (1892), un roman basé sur les événements qui ont mené à la Guerre de Black River entre les Iroquois et les colons européens au XVIIe siècle.
Emily Pauline Johnson a également été connue pour ses lectures publiques, où elle chantonnait ses propres poèmes accompagnée de son grosse guitare. Elle était une oratrice charismatique qui captivait le public avec sa voix chaude et son talent pour raconter des histoires.
Emily Pauline Johnson a également été active dans la défense des droits des femmes et des autochtones au Canada. Elle a écrit des articles dans les journaux pour défendre ces causes et a également participé à des conférences et des réunions.
En 1907, Emily Pauline Johnson a publié son dernier recueil de poèmes, "Les Contes de la Mère Noire" (The Moccasin Maker). Elle est morte en 1913 à l'âge de 52 ans.
Emily Pauline Johnson a eu une grande influence sur la littérature autochtone canadienne et continue d'être considérée comme une figure importante dans cette littérature. Son travail continue d'être publié et étudié aujourd'hui.