Née le 25 septembre 1673 à Rudolstadt, Emilie Julienne était la fille du prince Louis Günther Ier et de sa femme Élisabeth Dorothée de Saxe-Weimar. À l'âge de dix-huit ans, elle épousa le prince Louis Frédéric Ier de Schwarzbourg-Rudolstadt, avec qui elle eut huit enfants.
En 1697, le prince Louis Frédéric Ier mourut laissant sa femme veuve à l'âge de vingt-quatre ans. Pour des raisons politiques, les princes de Schwarzbourg-Rudolstadt n'étaient pas autorisés à régner avant d'avoir atteint vingt-cinq ans, ce qui laissa Emilie Julienne comme régente pour ses quatre fils mineurs.
En tant que régente, elle gouverna avec compétence et sagesse, faisant face aux défis de la guerre et des finances du pays tout en s'occupant des besoins de ses enfants. Elle fit élever les bâtiments publics, fit construire une route reliant Rudolstadt à Saalfeld, et mit en place un système d'écoles primaires pour l'enseignement chrétien.
Elle mourut le 24 décembre 1711 à Rudolstadt. Son fils aîné, Louis Günther II, lui succéda comme régent jusqu'à ce qu'il atteigne la majorité en 1718.
Emilie Julienne de Schwarzbourg-Rudolstadt est connue pour son intérêt envers les arts et la littérature. Elle était une poétesse talentueuse, écrivant souvent des vers sur la nature. Elle a aussi été une mécène de l'art baroque dans le duché.
Elle fut considérée comme une régente exemplaire pour sa compétence et son émulation envers les principales femmes de son temps, telles que la reine Christine de Suède ou la grande-duchesse Élisabeth de Russie. Son règne a été marqué par la paix et le progrès, avec des avancées importantes dans les domaines des arts, de l'éducation et du développement économique.