Paul a grandi dans une famille d'artistes et de musiciens. Son père était un violoniste classique et sa mère, une soprano. Ellis Paul commence à jouer de la guitare à l'âge de 14 ans et commence à écrire ses propres chansons peu après.
En 1987, il est diplômé du lycée de Needham (Massachusetts) puis poursuit des études supérieures au Berklee College of Music de Boston où il obtient un Bachelor of Music en composition.
Durant ses années universitaires, Ellis Paul joue dans divers groupes et collabore avec d'autres artistes de la scène folk de Boston. Il décroche son premier contrat discographique en 1992 et sort son premier album solo l'année suivante : "Home Town Boy".
En 1994, il sort "The Hero in You", un album qui connaît un grand succès critique et public. Son single "The World Ain't Slowing Down" est notamment salué par les critiques. L'album est également nominé aux Grammy Awards dans la catégorie meilleur album folk contemporain en 1995.
Dans ses chansons, Ellis Paul évoque fréquemment des thèmes comme l'amour, le patriotisme, le folklore américain et les valeurs humaines. Sa musique est souvent qualifiée de poétique et de riche en sonorités.
Au cours de sa carrière, Ellis Paul a sorti plus d'une douzaine d'albums studio et a reçu plusieurs récompenses dans la scène folk des États-Unis, notamment le prix ASCAP Vanguard Award (2014) pour son impact significatif sur l'écriture de chansons. Il est également membre honoraire de l'Académie nationale américaine des arts et des lettres.
En plus de sa carrière musicale, Ellis Paul est aussi un écrivain à succès. Il a publié plusieurs recueils de poésie et a coécrit une pièce de théâtre, "The Day Before Yesterday", mise en scène au Berklee College of Music.
Ellis Paul vit actuellement dans le Maine avec sa femme et ses enfants. Il continue à se produire en concert et à écrire des chansons.