Après avoir obtenu son doctorat à l'université de Liège en 1869, Van Beneden a été engagé par Georges Émile Binford à l'Institut royal des sciences naturelles du Musée royal d'histoire naturelle de Belgique à Bruxelles, où il a travaillé jusqu'à sa mort.
Van Beneden est particulièrement connu pour son travail sur les vers plats, qu'il a divisés en trois classes : les monogènes, les bicœlomérates et les triocœlomérates. Il a également décrit plusieurs espèces de ces groupes et a fourni des descriptions détaillées de leur anatomie, physiologie et biologie.
Van Beneden a également publié de nombreuses études sur les annélides marins, notamment sur les polychètes et les nudibranches. Il est considéré comme un pionnier dans l'étude de ces animaux et a décrit plusieurs nouvelles espèces pour chaque groupe.
Outre ses travaux zoologiques, Van Beneden a également été actif dans la paléontologie, notamment dans l'étude des trilobites fossiles. Il a publié de nombreuses études sur cette matière et a fourni des descriptions détaillées de plusieurs espèces de trilobites.
Van Beneden a également servi comme professeur à l'université libre de Bruxelles, où il enseignait la zoologie comparée et la paléontologie. Il était également membre actif de plusieurs sociétés savantes, notamment de l'Académie royale des sciences d'outre-mer (Belgium) et de la Société zoologique de France.
En résumé, Edouard Van Beneden était un zoologiste belge connu pour ses travaux sur les vers plats et les annélides marins, ainsi que pour son activité dans la paléontologie, en particulier l'étude des trilobites fossiles. Il est considéré comme un pionnier dans l'étude de ces animaux et a fourni de nombreuses descriptions détaillées de leur anatomie, physiologie et biologie.