Natif de la région bruxelloise, Jean-Pierre Dhilly a grandi dans une famille modeste où la passion pour le théâtre était partagée par tous les membres. Il a étudié au Conservatoire royal de Bruxelles avant d'entrer à l'Académie royale des beaux-arts de Bruxelles, où il a obtenu son diplôme en scénographie et en réalisation cinématographique.
La carrière de Jean-Pierre Dhilly commence dans les années 1960 avec des collaborations à la télévision belge et française. Il rencontre Jacques Brel en 1967, qui lui propose de faire un documentaire sur ses concerts en public. Le documentaire, intitulé "Jacques Brel à Montreux", est considéré comme un classique du cinéma musical belge et a été sélectionné pour la Berlinale en 1968.
Pendant les années qui suivent, Jean-Pierre Dhilly et Jacques Brel travaillent ensemble sur plusieurs projets cinématographiques, dont le film "Jacques Brel est mort" (1975) et la mini-série télévisée "L'Hirondelle" (1980). Ces collaborations ont permis à Jean-Pierre Dhilly de se faire connaître au sein du monde du cinéma belge.
En 1983, Jean-Pierre Dhilly réalise son premier long métrage, "Le Bonheur est dans le pré", qui raconte l'histoire d'un jeune homme qui quitte sa ville natale pour s'installer dans les campagnes. Le film a été acclamé par la critique et a remporté plusieurs prix à l'époque.
Pendant les années 1990, Jean-Pierre Dhilly travaille sur des projets plus diversifiés, allant du documentaire ("La mer est belle") au drame ("Le Bien et le Mal"). Il a également continué à travailler pour la télévision, en réalisant notamment des épisodes de séries populaires telles que "Commissariat 17" et "Flics".
Aujourd'hui encore, Jean-Pierre Dhilly est considéré comme un grand artiste du cinéma belge. Ses contributions à la réalisation cinématographique ont permis de populariser le cinéma flamand et d'amener les réalisations belges à une large audience internationale. Il continue de travailler et de participer à des projets cinématographiques, même si son activité est plus limitée que dans les années précédentes.