Après des études d'architecture à l'École nationale supérieure des beaux-arts de Paris, il se tourne vers la conception d'objets d'art et de mobilier. En 1995, Jean-Charles Weber ouvre son premier atelier dans le quartier Saint-Germain-des-Prés à Paris, où il crée ses premières pièces emblématiques : les tables à bascule "Tilt", dont certaines pendent en suspension.
En 2001, Jean-Charles Weber est sélectionné pour représenter la France au Salon International du Meuble de Milan, où il présente sa collection "Flex". La même année, il crée la chaise "Cocoon" pour la marque italienne Foscarini. Cette chaise en métal et pâte de verre sera produite jusqu'en 2015 et se trouvera dans des collections muséales telles que le Centre Pompidou à Paris.
En 2003, Jean-Charles Weber devient designer d'édition à La Redoute et collabore avec de nombreuses marques internationales telles que Ligne Roset, Kartell, Vitra, Magis et Zanotta. En 2005, il crée la collection "Twist" pour Zanotta, qui comprend des tables et chaises en bois tourné. La même année, il est récompensé par le Design Plus Award du Design Report International Magazine.
En 2013, Jean-Charles Weber présente sa première exposition personnelle intitulée "Jean-Charles Weber: L'Art de l'Invisible" à la Galerie Kreo à Paris. L'exposition réunit près de 40 créations originales du designer, allant de mobilier et d'objets d'art à des installations spatiales.
En 2015, Jean-Charles Weber est nommé membre du Comité Stratégique pour la Création Industrielle par le ministère français de l'Industrie. Il est également professeur invité au Centre de Design NABA à Milan.
Jean-Charles Weber poursuit sa carrière d'artiste et de designer en travaillant pour des marques prestigieuses, créant de nouveaux objets d'art, exposant dans des musées et galeries internationales et enseignant à l'école supérieure. Ses œuvres sont régulièrement présentées à travers le monde et se trouvent dans les collections privées et publiques les plus importantes.