Ayant été diplômé de l'Institut des hautes études cinématographiques (IDHEC), David Verdaguer a commencé sa carrière dans le cinéma en écrivant pour la télévision, notamment sur les séries "La Grande Brigade" et "Une famille formidable". Il s'est également occupé de la réalisation de quelques épisodes des séries télévisées "Le juge est une femme" et "PJ".
En 2006, il a coécrit avec Michel Hazanavicius le scénario du film "OSS 117 : Le Caire nid d'espions", qui a été un grand succès critique et commercial. Le film a remporté six Césars, dont ceux du meilleur réalisateur, du meilleur acteur (pour Jean Dujardin) et du meilleur scénario original. Deux suites ont été produites : "OSS 117 : Alerte rouge" en 2009 et "OSS 117 : Lost in Rio" en 2015.
En 2013, David Verdaguer a réalisé son premier long-métrage, "Un plan périlleux", qui raconte l'histoire de deux frères qui se disputent pour le contrôle d'une entreprise familiale. Le film a été nominé au César du meilleur premier film et a reçu une nomination aux Lumières du meilleur premier film français.
David Verdaguer est également connu pour avoir créé la série télévisée "Le Bureau des légendes", dont les quatre saisons ont été diffusées entre 2015 et 2020 sur Canal+. La série, qui met en scène un service secret français chargé de lutter contre les menaces liées aux mystères extra-terrestres et à la cryptologie, a été acclamée par la critique et a remporté plusieurs prix, notamment au Festival Séries Mania et au Festival de télévision de Monte-Carlo.
En 2019, David Verdaguer a réalisé le film "L'Échappée belle", interprété par Romain Duris et Audrey Tautou, qui relate l'histoire d'un couple qui part en voyage à travers l'Europe pour échapper à leurs problèmes de santé mentale. Le film a été présenté en sélection officielle au Festival international du film de Rome.
David Verdaguer poursuit sa carrière dans le cinéma et la télévision, travaillant notamment sur des projets avec Michel Hazanavicius, comme un projet cinématographique inspiré du roman de Robert Merle "Le Phare".