Kennedy a obtenu son diplôme d'ingénieur en électrotechnique à l'Université du Massachusetts à Amherst en 1973, puis son doctorat en ingénierie électrique à l'Institut de technologie de Californie (Caltech) en 1976.
En 1976, il rejoint le Laboratoire national d'informatique des défenses (NSA) où il travaille sur les communications chiffrées et le codage pour la guerre électronique. En 1983, il quitte l'NSA pour rejoindre la société BBN Technologies où il est responsable du développement du réseau de paquets Internet (IPN). Il participe également à la conception du système TCP/IP et au développement de certains protocoles réseaux comme ICMP ou ARP.
En 1987, Kennedy rejoint la société Digital Equipment Corporation où il travaille sur des problèmes de sécurité pour les télécommunications. Il y développe le système de chiffrement Secure Shell (SSH) qui permet de transférer des données sécurisées entre deux ordinateurs et est encore utilisé aujourd'hui.
En 1994, il fonde sa propre société, Kennedy Network Systems, qui se spécialise dans la conception de logiciels de sécurité pour les réseaux informatiques. Il travaille notamment sur des problèmes liés à l'attaque de type DDoS (Attaque de débordement de trafic) et aux protocoles VPN (Virtual Private Network).
En 2018, Kennedy rejoint la société Akamai Technologies où il occupe le poste de chercheur en chef. Il continue à travailler sur des problèmes liés à l'informatique et aux télécommunications, notamment dans le domaine de la cyberdéfense.
David Kennedy est reconnu comme un expert mondial dans le domaine de la sécurité informatique et a été récompensé pour ses travaux par plusieurs prix et distinctions, dont le prix Turing en 2019. Il est également membre de l'Académie nationale d'ingénierie des États-Unis et du National Cybersecurity Hall of Fame.