Michel Cournot a commencé sa carrière dans l'industrie cinématographique en travaillant comme monteur pour des documentaires et des émissions de télévision avant de se tourner vers le cinéma. Son premier long métrage, *Trois places pour le 26*, sorti en 1986, a été un succès critique et a valu à Cournot une nomination au César du meilleur espoir masculin.
En 1990, il réalise son plus grand succès commercial avec *Le Grand Bleu*, un film qui raconte l'histoire d'un plongeur professionnel et de sa relation complexe avec une femme. Le film a été un phénomène culturel en France et est considéré comme l'un des films français les plus populaires des années 1990.
En 2004, Cournot a été nommé au César du meilleur réalisateur pour *L'Auberge espagnole*, un film qui raconte la vie de cinq étudiants étrangers à Barcelone. Le film est une adaptation du roman éponyme de Cédric Klapisch et a remporté plusieurs prix en France et à l'étranger.
En 2016, Cournot a réalisé *Les Sages Femmes*, un drame qui retrace le destin de trois sœurs qui tentent de sauver leur mère malade dans une région rurale de France. Le film a été acclamé par la critique et a remporté plusieurs prix, dont le César du meilleur scénario original.
En plus de son travail à la réalisation, Cournot est également connu pour ses collaborations avec des musiciens tels que Vincent Delerm, Étienne Daho et Thomas Fersen. Il a également travaillé comme producteur sur plusieurs films indépendants français.
Au total, Michel Cournot a réalisé plus de 15 longs métrages et est considéré comme l'un des réalisateurs les plus populaires de la nouvelle vague française.