Il a étudié à l'Institut des hautes études cinématographiques (IDHEC) à Paris où il a rencontré Alain Resnais, qui l'a encouragé à faire carrière dans le cinéma. Sa carrière a commencé avec la réalisation de courts-métrages et d'épisodes pour des anthologies telles que "Les Quatre Fleuves" (1973) et "Paris vu par..." (1975).
Son premier long-métrage, "L'amour en l'air", sorti en 1978, a été un échec critique mais est considéré aujourd'hui comme un film de jeunesse d'exception. Il a ensuite réalisé "La Vie de famille" (1986) et "Le Père Noël est une ordure" (1982), deux films qui ont rencontré un grand succès commercial en France.
En 1985, Commaille a coécrit le scénario du film d'Alain Resnais, "Mélanie", et a reçu avec lui une nomination pour l'Oscar du meilleur scénario original. Il a également travaillé comme scénariste sur plusieurs autres projets, notamment "Un papillon dans la poche" (1976) de Yves Robert et "Les Rois maudits" (2005) de Josée Dayan.
Jean-Louis Commaille est également connu pour avoir dirigé des épisodes de séries télévisées telles que "H" (1983), "Navarro" (1987) et "L'Enfant de l'été" (1986). Il a également travaillé comme réalisateur pour la télévision, notamment sur des adaptations télévisées de romans célèbres tels que "Les Misérables" (2000) et "Le Comte de Monte-Cristo" (1998).
En 2005, il a remporté le César du meilleur scénario original pour le film "Les Choristes". Il a également été nommé pour plusieurs autres Césars au cours de sa carrière.
Au total, la carrière de Jean-Louis Commaille s'étend sur plus de 40 ans et comprend une multitude de projets dans lesquels il a démontré son talent de réalisateur et scénariste. Il continue à travailler actuellement, notamment en participant à des projets télévisés et cinématographiques.