Après des études à l'université Columbia, Christine Mautner a commencé sa carrière comme assistante de production. En 1983, elle a coécrit le scénario du film "Swing Shift", réalisé par Jonathan Demme et produit par George Lucas.
En 1985, Christine Mautner réalise son premier court-métrage intitulé "The Cure for Cancer". En 1986, elle écrit et réalise son premier long métrage, le drame "Staying Together", qui a été sélectionné au Festival international du film de Locarno.
En 1987, Christine Mautner réalise le film "The Hidden" (Le caché), un film d'horreur qui est devenu culte et qui marque son premier grand succès commercial. Elle a également écrit et produit ce film.
En 1990, elle réalise "Pump Up the Volume", un film comique avec Christian Slater dans le rôle principal. Le film a été un succès critique et commerciaux.
Christine Mautner a réalisé plusieurs autres films depuis lors, notamment "The Doom Generation" (1995), "Judgment Night" (1999) et "Ticks" (2005). Elle a également travaillé pour la télévision, réalisant des épisodes de series telles que "Buffy contre les vampires", "Angel" et "Firefly".
En 2007, elle réalise un long-métrage intitulé "The Trouble with Cali", qui est sorti directement en vidéo. En 2013, elle a réalisé le film "The D Train", avec Jack Black et James Marsden dans les rôles principaux.
Christine Mautner est également connue pour son travail sur la série télévisée "Star Trek: Deep Space Nine". Elle a écrit plusieurs épisodes de la série, dont l'un des plus célèbres est "Trials and Tribble-ations", qui a réuni les deux séries originales de Star Trek.
Christine Mautner est actuellement en développement sur un nouveau film intitulé "Wildlife", qui doit sortir en 2023.