Il a commencé sa carrière dans l'industrie du cinéma en travaillant comme assistant réalisateur pour des cinéastes tels que Claude Sautet, Claude Miller et François Truffaut. En 1976, il réalise son premier long métrage, "Le Mouton noir", qui est adapté d'une pièce de théâtre écrite par Pierre-Henri Rosny.
Ce film est suivi de "La Femme flic" en 1982, avec Miou-Miou dans le rôle principal, et "Le Dernier Métro" en 1980, qui est adapté d'une pièce de théâtre écrite par Jean Poiret. Ce film est un succès commercial et critique, et a remporté deux Césars : celui du meilleur scénario original pour Chassenet et celui du meilleur acteur pour Gérard Depardieu.
En 1985, il réalise "Le Père Noël est une ordure", qui est un grand succès commercial et a donné naissance à une série de films suivis. Il réalise également des adaptations de romans populaires tels que "Les Enfants du capitaine Grant" (1987) et "Germinal" (1993).
Jean-Pierre Chassenet est également connu pour avoir réalisé plusieurs films télévisés, dont la série "La Môme Deschamps", qui a été diffusée sur France 2 entre 2007 et 2014. Il a également produit des documentaires sur des sujets historiques tels que la Bataille de Verdun ou le siège de Paris en 1870.
En 2019, il réalise "Le Grand Bazar", qui est un film policier avec Thierry Lhermitte dans le rôle principal. Ce film marque une reprise de la collaboration entre Chassenet et Lhermitte, qui avaient déjà travaillé ensemble sur plusieurs films à succès précédents.
Au total, Jean-Pierre Chassenet a réalisé plus de 30 films et séries télévisées, et a produit un grand nombre de documentaires historiques. Il est considéré comme l'un des réalisateurs les plus populaires de la cinématographie française.