Né au Palais de Saint James à Londres, il est le deuxième fils du roi Charles Ier et de Henriette-Marie de France. Après avoir été couronné roi d'Écosse à Scone en 1649 à l'âge de neuf ans par un groupe de barons écossais rebelles, il passe la majeure partie de son enfance et de sa jeunesse en exil en France et aux Pays-Bas.
Charles II est resté en exil pendant la Révolution anglaise jusqu'en 1660 lorsqu'il est invité à revenir en Angleterre après le décès du Cromwell Oliver, qui avait renversé son père et mis fin à la monarchie en 1649. Il est couronné roi de Grande-Bretagne le 23 avril 1661.
Le règne de Charles II a été marqué par une période d'opulence, de prospérité économique et de liberté religieuse connue sous le nom de Restauration anglaise (1660-1688). Il est connu pour avoir favorisé la liberté des croyances et l'accès à la tolérance religieuse. Cependant, il a également été marqué par la poursuite de la Guerre anglo-néerlandaise (1652-1674) avec les Provinces-Unies des Pays-Bas et les guerres anglo-espagnoles (1654-1683).
Charles II était un monarque charismatique qui a été populaire auprès du peuple anglais. Cependant, il a également été critiqué pour son dévouement aux jeux et au plaisir de la cour, ainsi que pour son implication dans plusieurs affaires amoureuses.
Charles II est mort le 6 février 1685 d'une crise cardiaque pendant une visite à la cour du château de Whitehall à Londres. Il a été enterré dans l'Abbaye de Westminster aux côtés de son père, Charles Ier.
Sa sœur, Henriette de la Méridienne (1638-1670), est également connue pour être la première personne à introduire le thé au Royaume-Uni.