Né à Paris le 20 avril 1817, Daubigny grandit dans une famille modeste de l'industrie textile. Son intérêt pour la peinture se développe dès sa jeunesse et il commence à travailler avec un artiste paysagiste local, Camille Corot.
En 1836, Daubigny s'inscrit à l'École des Beaux-Arts de Paris mais ne trouve pas les enseignements conformes à ses goûts artistiques et quitte l'école après deux ans. Il se tourne vers la peinture de paysage en plein air, une pratique alors rare, ce qui lui permet de développer son propre style distinctif.
En 1842, Daubigny fait la connaissance du peintre Eugène Boudin et, influencé par ses méthodes de travail, il commence à utiliser des techniques similaires pour peindre sur le motif en plein air. C'est au cours de cette période que Daubigny développe son style impressionniste caractérisé par une utilisation précise du clair-obscur et une attention extrême aux effets de lumière.
En 1857, Daubigny acquiert un bateau appelé "La L'Annonciade" qu'il transforme en atelier flottant sur la Seine, ce qui lui permet de peindre en plein air plus facilement et d'explorer différents endroits. Ce bateau est considéré comme un précurseur des ateliers flottants utilisés par les impressionnistes ultérieurs, tels que Monet et Renoir.
Daubigny est également connu pour ses œuvres représentant la vie rurale en France, y compris les paysages, les fermes et les villages. Son tableau le plus célèbre, "L'Embarquement à La Havre", représente les habitants de la ville embarquant sur des bateaux à vapeur pour aller chercher du travail aux États-Unis. Ce tableau est exposé au Musée d'Orsay à Paris.
Charles François Daubigny meurt le 17 mars 1878 à Auteuil, près de Paris, mais son influence sur l'impressionnisme continue à se faire sentir jusqu'à nos jours. Sa carrière et ses travaux ont joué un rôle important dans la création du mouvement impressionniste et ont aidé à définir le style paysager moderne en France.