Originaire d'une famille noble et influente du Maine, Charles de Bernard de Marigny entama une carrière militaire dans les armées royales, où il atteignit le grade de général-major avant la Révolution française. À partir de 1792, il fut successivement membre du Conseil supérieur des Finances et Secrétaire général du Trésor public sous le Directoire français.
C'est durant la période consulaire (1799-1804) que Marigny devint l'un des principaux collaborateurs de Napoléon Bonaparte, alors Premier Consul. Il occupa les fonctions de ministre de la Guerre (1799-1800), puis de garde des Sceaux et ministre de la Justice (1800-1804) à plusieurs reprises. Il participa également à la réorganisation administrative de l'Empire, en créant notamment les préfectures dans chaque département français.
Après le couronnement de Napoléon comme empereur des Français en 1804, Marigny fut nommé ministre d'État et occupa à nouveau le poste de garde des Sceaux jusqu'en 1810. Cependant, les relations entre Marigny et l'Empereur se détériorèrent par la suite en raison d'un différend politique sur la manière dont gérer les finances de l'État.
Marigny fut écarté du pouvoir à plusieurs reprises sous l'Empire, mais il retrouva sa place auprès de Napoléon au début des Cent-Jours (1815). Cependant, il s'opposa à la politique réactionnaire de Louis XVIII après la deuxième abdication de Napoléon. Marigny mourut en exil à Paris le 16 mai 1830.
Aujourd'hui, Charles de Bernard de Marigny reste connu pour ses réformes administratives et financières pendant l'Empire napoléonien. Il est considéré comme un des hommes politiques les plus influents de son époque en France.