Diplômé de l'École nationale supérieure des arts décoratifs en 2006, il a commencé sa carrière dans le monde du cinéma comme assistant réalisateur pour des projets tels que "La Cité" d'Alain Corneau et "Le Petit Nicolas" de Laurent Tirard.
En 2013, il réalise son premier long-métrage, "Les Hommes libres", un film dramatique qui reçoit des critiques favorables et est sélectionné dans de nombreux festivals internationaux. Le film traite des relations entre les hommes en milieu carcéral, thème qui reviendra régulièrement dans son œuvre.
En 2015, il réalise "Les Hommes libres 2", une suite qui rencontre également un succès critique et public. Le réalisateur poursuit sa collaboration avec des acteurs connus de la scène française tels que Vincent Elbaz, Patrick Chesnais et Gilles Lellouche.
En 2017, il sort "Les Âmes grises", un drame policier qui traite du phénomène des disparitions sans trace. Le film est acclamé par la critique et est sélectionné au Festival de Cannes.
En 2019, il réalise "Les Désaxés", une comédie dramatique sur les difficultés d'intégration de jeunes immigrés en France. Le film reçoit des critiques mitigées mais est salué pour son approche poignante du sujet.
En 2021, il sort "Les Liaisons perdues", un thriller qui met en scène une relation entre un homme et une femme, dans le contexte de la pandémie de Covid-19. Le film est sélectionné au Festival de Cannes pour la quatrième fois consécutivement.
En 2023, il sort "Les Hommes libres 3", son dernier long-métrage jusqu'à présent. Le film reçoit des critiques très positives et est considéré comme une conclusion parfaite à la trilogie initiée en 2013.
Martin Chaconne Berkowicz est également actif dans le monde de la télévision, où il réalise des épisodes pour des séries telles que "Baron noir" et "Profilage". Il est également scénariste et coscénariste de plusieurs projets.
En 2017, il est nommé au César du meilleur réalisateur espoir pour "Les Hommes libres". En 2023, il est nommé au César du meilleur scénario original pour "Les Liaisons perdues".