Après des études en droit, Philippe Bonnier décide de se consacrer à l'écriture. En 1962, il publie son premier roman, "Le Cordon d'Acide", qui connaît un succès important et lui vaut le Prix France-Canada. Ce récit met en scène une famille québécoise souffrante de la dépression économique des années 1930.
En 1968, il signe le scénario du film "Mon oncle Antoine", réalisé par Claude Jutra et qui obtient un important succès critique. Ce long-métrage raconte l'histoire d'un jeune garçon dans une petite ville québécoise au début du XXe siècle.
Dans les années 1970, Philippe Bonnier devient également scénariste pour la télévision et collabore à plusieurs séries télévisées françaises et canadiennes, dont "La Grande Vie" (1972) et "Julie et les enfants du miracle" (1980).
En 1974, il publie "Le Grand Mouton", un roman qui narre la vie d'un homme âgé vivant seul dans un appartement de Montréal. Ce livre reçoit le Prix littéraire du Gouverneur général.
Philippe Bonnier a également été membre de l'Académie royale du Canada et a reçu plusieurs autres distinctions pour son œuvre, notamment le Prix Trillium en 1985 et la Médaille Saidye Bronfman en 2003.
Depuis les années 1990, Philippe Bonnier se consacre à l'écriture de pièces de théâtre pour le théâtre français de Montréal.
Au fil des ans, il a publié plus d'une dizaine de romans et de nouvelles, ainsi que plusieurs pièces de théâtre et des scénarios pour la télévision. Son œuvre, marquée par une grande sensibilité et une grande maîtrise du langage, est considérée comme une référence importante dans la littérature canadienne-française contemporaine.