Enfant de la colonie française d'Algérie, il déménage en France métropolitaine en 1962 avec sa famille. Après avoir terminé ses études secondaires au Lycée Louis-le-Grand à Paris, il poursuit des études de lettres à l'Université de Paris (Sorbonne), tout en exerçant divers petits métiers comme vendeur ou distributeur de journaux.
En 1968, il commence sa carrière dans le monde du spectacle en participant aux manifestations estudiantines et à la création du groupe de rock Underground Zero. En 1970, il adopte le pseudonyme Bernard Cafiero et fait ses débuts dans l'industrie du cinéma en travaillant comme scénariste et réalisateur pour des courts métrages érotiques, puis, à partir de 1974, pour des longs métrages d'exploitation (comme le film *La Nuit des mortels* en 1980).
En 1976, il publie son premier roman, *Bleu comme un ordinateur*, sous le pseudonyme Bernard Werber. Il rencontre alors un important succès critique et commercial, qui s'accroît avec la publication de *L'Empire des larmes* en 1978, adapté au cinéma l'année suivante par Alain Corneau.
Dans les années 1980, Bernard Werber continue à écrire des romans d'exploitation, notamment la série *Les Chroniques du monde souterrain* et la trilogie *Les Maîtres de l'enchantement*.
Au début des années 1990, il abandonne le genre fantastique pour aborder des sujets plus contemporains. Son roman *La Guerre des ombres* est publié en 1992, suivi d'*Histoire secrète de la guerre des ombres* en 1993 et *Les Ombres du pouvoir* en 1994. En 2005, ces trois livres sont adaptés au cinéma par Christophe Gans sous le titre *La Guerre des mondes*.
En 2016, Bernard Werber devient directeur de la collection Thriller et Polar aux éditions du Seuil.
Bernard Werber est marié depuis 1978 avec Isabelle Autissier-Werber, également écrivaine sous le pseudonyme Isabelle Autissier.