Dans les années 1980, il fait ses premiers pas à la télévision avec des apparitions occasionnelles dans des émissions comme Saturday Night Live et The David Letterman Show. Cependant, c'est en jouant le personnage de Matt Hughes (alias « BuhBee ») dans la série télévisée MadTV qu'il gagne une certaine notoriété au milieu des années 1990.
En 1994, il fait ses débuts au cinéma avec son premier long métrage réalisé, le film indépendant Le Cadeau de la mort. Son second projet cinématographique est la comédie slapstick Dumb and Dumber sortie en 1994, dans laquelle il interprète l'un des deux protagonistes aux côtés de Jim Carrey, avec qui il a notamment travaillé au sein du National Lampoon Radio Hour.
Depuis lors, Ben Stiller a joué dans de nombreux autres films populaires tels que Les Aventures de Rushmore (1998), Zoolander (2001) et sa suite Zoolander 2 sortie en 2016, Tropic Thunder (2008), la trilogie des Sauf-fous (2004 à 2015) et le remake de l'épicéa de Tim Burton, Frankenweenie (2012). Il a également réalisé plusieurs longs métrages dont The Cable Guy (1996), starring Jim Carrey, Starving College (2003), le film autobiographique The Heartbreak Kid (2007) et la comédie romantique The Secret Life of Walter Mitty (2013).
De plus, il a été nommé pour deux Oscars : celui du meilleur scénario original en 1996 pour The Cable Guy et celui du meilleur scénario adapté en 2014 pour le film de Steven Spielberg, Le Monde secret des Wonderspark (en) (Wonder Park).
En outre, Stiller a remporté deux Emmy Awards : l'un pour son rôle dans la série de HBO, Kvetch!, et l'autre pour sa performance dans la mini-série télévisée de 2019 When They See Us.
En 2018, il est devenu le premier artiste à recevoir la distinction de Comédien de l'année lors des American Comedy Awards (en) deux fois de suite. Ben Stiller est également connu pour ses nombreuses participations aux sketchs comiques de Saturday Night Live et les parodies qu'il en a réalisées sur cette émission comme celle du film Titanic.
Au-delà de son activité cinématographique, Ben Stiller est également actif dans des œuvres caritatives. Il est ainsi le fondateur de la Stiller Foundation, une organisation à but non lucratif qui appuie des projets humanitaires et écologiques en diverses régions du monde.
Il est marié depuis 2000 avec Christine Taylor, avec qui il a deux filles.