Après des études en biologie à la faculté des sciences de Rennes et à l'université de Montpellier, Gérard Ganachaud se tourne vers les nomades sahariens. De 1969 à 1972, il effectue un long séjour au Tchad, où il mène des recherches sur les populations bedouines touloum et toubou. Ce travail aboutit à la publication de son ouvrage fondamental *Les Toubous du Fezzan* (1974).
En 1972, Gérard Ganachaud rejoint l'équipe de recherche dirigée par Claude Lévi-Strauss au Musée de l'Homme. Deux ans plus tard, il prend la direction du laboratoire d'ethnobiologie et de géographie humaine à l'université de Paris X - Nanterre, où il mène des recherches sur les populations nomades sahariennes jusqu'en 1987.
Gérard Ganachaud est également connu pour avoir étudié les populations bedouines du Sinaï et de la péninsule du Sinaï et pour son engagement en faveur des droits humains dans la région. Il a été conseiller scientifique à plusieurs organisations internationales, notamment l'Unicef et le Fonds des Nations Unies pour l'enfance (UNICEF), ainsi qu'à des ONG telles que les OXFAM et la Croix-Rouge française.
En 1987, il reçoit le prix de la Fondation de France pour ses recherches ethnobotaniques sur les populations bedouines sahariennes. La même année, il devient membre du Centre national de la recherche scientifique (CNRS).
Depuis 1993, Gérard Ganachaud est professeur émérite à l'université de Paris X - Nanterre et membre correspondant de l'Académie des sciences morales et politiques. Il continue à mener des recherches sur les populations nomades du Sahara et à faire valoir leurs droits, notamment en matière d'eau et de terres, dans diverses publications et conférences internationales.
Le travail de Gérard Ganachaud a eu une influence considérable sur la compréhension des populations nomades sahariennes et sur les questions liées à leur déplacement forcé, à leurs droits fonciers et à leur accès à l'eau dans la région. Son engagement en faveur des droits humains dans la région du Sahara est reconnu par le monde scientifique et social, ainsi que par les populations qu'il a étudiées pendant plus de 40 ans.