Axel Merckx est né le 19 janvier 1965 à Bruxelles. Il est le fils de Eddy Merckx, l'un des plus grands coureurs cyclistes de tous les temps. Axel a suivi dans les traces de son père et a également fait une carrière de coureur professionnel de cyclisme sur route.
Axel Merckx a commencé sa carrière professionnelle en 1987 au sein de l'équipe Sigma. En 1990, il rejoint l'équipe Panasonic-Sportlife, où il reste jusqu'en 1994. Pendant cette période, Axel a remporté plusieurs victoires importantes, dont le Grand Prix Jef Scherens en 1987, la Course de la Paix en 1990 et le Tour de Romandie en 1992.
En 1995, Axel Merckx rejoint l'équipe Motorola, où il court jusqu'en 1998. Durant cette période, il a remporté plusieurs victoires importantes, notamment le Tour de Suisse en 1996 et le Tour d'Autriche en 1997. En 1998, Axel a également remporté une étape du Tour de France, ce qui était une réussite considérable pour un coureur belge.
En 1999, Axel Merckx rejoint l'équipe Lotto-Mobistar, où il reste jusqu'en 2004. Durant cette période, il a remporté plusieurs victoires importantes, notamment la Flèche Brabançonne en 1999 et la Course de la Paix en 2003.
En 2005, Axel Merckx prend sa retraite de coureur professionnel de cyclisme sur route à l'âge de 40 ans. Depuis cette retraite, il a travaillé comme commentateur TV pour la chaîne RTBF.
Aujourd'hui, Axel Merckx est reconnu comme un des meilleurs coureurs cyclistes belges de l'histoire, ayant remporté plus de 150 victoires en carrière. Il est également considéré comme un des coureurs les plus respectés du peloton, pour sa gentillesse et sa simplicité.