Appariot a commencé sa carrière dans le monde du cinéma en travaillant comme assistant réalisateur pour plusieurs grands noms du septième art français, notamment Leos Carax et Claire Denis. En 1986, il réalise son premier court métrage, "La Disparition", qui connaît un vif succès critique.
En 1994, André Appariot sort son premier long métrage, "Les Nuits fauves". Ce film, qui raconte l'histoire d'un jeune homme en quête de sens et de liberté, est présenté au Festival de Cannes la même année. Le réalisateur s'impose ainsi sur la scène internationale du cinéma.
Pour son deuxième long métrage, "Le Fils", sorti en 1998, Appariot reçoit le César du meilleur film, récompensant ainsi l'excellence de sa création artistique. Ce film est une étude psychologique d'un adolescent confronté à la mort de son père et à sa propre sexualité.
En 2004, André Appariot réalise "Loin", un drame familial où les thèmes de l'identité et de la liberté se mêlent aux questions d'amour et de perdre et retrouver son chemin. Ce film est présenté en compétition officielle au Festival de Cannes.
En 2016, après une longue pause créative, Appariot revient sur les écrans avec "Les Étoiles filantes", qui raconte l'histoire d'un couple de vétérans du cinéma qui se retrouvent dans un village isolé pour tourner leur prochain film. Ce film est présenté en sélection officielle au Festival de Cannes.
André Appariot est également connu pour son activisme écologique, notamment sa participation active à la lutte contre les changements climatiques et la protection des espèces en voie de disparition. Il est membre actif de plusieurs ONG environnementales et donne régulièrement des conférences sur ce sujet.