Anquetil-Duperron a commencé sa carrière en tant que prêtre catholique. En 1755, il fut envoyé par la Société des Missions étrangères de Paris à l'Inde comme missionnaire à Pondichéry. Il apprit le tamil et les langues dravidiennes locales pendant son séjour en Inde.
En 1759, il fut capturé par les Marathes et emmené dans leur territoire. En captivité, Anquetil-Duperron fut exposé à la culture persane et apprit le persan, le pachto et l'ourdou.
En 1765, il put regagner Pondichéry grâce à son connaissances linguistiques qui lui permirent de servir de médiateur lors d'un traité entre la Compagnie française des Indes orientales et les Marathes.
Il retourna en France en 1769, où il fut accueilli avec enthousiasme pour sa connaissance de la culture indienne. Il publia ensuite plusieurs ouvrages sur l'Inde, dont le plus important est "Réflexions philosophiques sur les religions de l'ancien et du nouveau monde" (1768) et "L'Institution des mœurs des peuples usités dans l'ancien temps" (1778).
En 1774, il retourna en Inde pour continuer ses études sur les langues indiennes. Il découvrit le zend à Ormuz et publia "L'Extrait du Vendidad" (1778), un travail qui fut considéré comme une révolution dans l'étude de la langue et de la littérature zoroastriennes.
Anquetil-Duperron est également connu pour son travail sur le sanskrit, dont il fut le premier traducteur en français. Il publia "L'Institution des mœurs des Indiens" (1778) et "Le Vishnu-Pourana" (1780).
Il passa le reste de sa vie à Pondichéry, où il mourut en 1805. Son travail sur les langues indiennes fut considéré comme une révolution dans l'étude des langues et la culture de l'Inde à son époque.