Après des études d'architecture à l'École nationale supérieure des beaux-arts de Paris, il s'oriente vers le monde de l'audiovisuel. Il débute en 1976 comme assistant réalisateur et monteur sur des émissions pour la télévision française, notamment sur France 2 et Antenne 2 (devenu France 3).
En 1980, il réalise son premier documentaire, "C'est pas du cinéma, c'est de la télévision" qui est acclamé par la critique. Il poursuit sa carrière de réalisateur en produisant des documentaires sur divers sujets, tels que l'art, la musique, la danse, la mode et les sciences.
En 1986, il crée sa société de production, Les Films Andrée, pour laquelle il réalise notamment des émissions d'animation pour enfants comme "Les Gnomes" en 1987 et "Oggy-Oggy" en 1998. En 2006, il crée une nouvelle série d'animation, "Zorglub", qui rencontre un grand succès en France et à l'étranger.
Jean-Didier Andrée est également connu pour sa participation aux émissions de télévision sur la culture et les arts. Il est chroniqueur régulier dans l'émission "Télématin" sur TF1, ainsi qu'au magazine culturel "C à vous" sur France 5.
En 2008, il publie un livre intitulé "Le cinéma et moi", dans lequel il raconte son parcours professionnel et sa passion pour le septième art. En 2014, il crée la Fondation Jean-Didier Andrée qui vise à promouvoir la culture française à l'étranger.
Jean-Didier Andrée est un personnage influent de l'industrie du cinéma et de la télévision français. Son œuvre, marquée par une grande curiosité, une sensibilité artistique et un esprit inventif, a contribué à enrichir les écrans français pendant plus de trois décennies.