André Rey est né de parents juifs séfarades en Tunisie, avant que sa famille ne s'installe à Casablanca. Il apprend la guitare et compose des chansons dès son adolescence. Après un bref passage dans une bande de rock 'n' roll, il rejoint le groupe Magma en 1969.
Magma est un groupe de rock progressif créé par Klaus Bläsius (né Christian Vander) et Jannick Top (Jean-Pierre Guagliardi). Le style du groupe se caractérise par une fusion de musique classique, jazz et rock, avec des textes chantés en langue kobaïan, créée spécifiquement pour les paroles des chansons. André Rey a participé à plusieurs albums du groupe, notamment "Köhntarkösz" (1970), "Mekanik Destruktiw Komandoh" (1973) et "Utopia" (1978).
En 1982, André Rey quitte Magma pour se consacrer à sa carrière solo. Il sort plusieurs albums de musique expérimentale et électronique dans les années 1980 et 1990, notamment "Couleurs électroniques" (1982), "Les Chemins invisibles" (1984) et "L'Effet Merlin" (1987).
André Rey est également connu pour ses contributions à la musique de film, en particulier les bandes originales des films de Jean-Pierre Jeunet : "Le City de la peur" (1983) et "La Cité des enfants perdus" (2004).
En 2005, André Rey est nommé chevalier des Arts et des Lettres par le ministère de la Culture français. Il continue à travailler et à enregistrer de nouvelles musiques jusqu'à sa mort le 16 mars 2018 à Paris.
André Rey a laissé une importante héritage musical, marqué par son innovation et sa créativité. Ses compositions ont influencé nombre d'artistes de la scène rock progressif française, notamment Métallia et Teknölik Öllo.