Après avoir déménagé en Angleterre dans les années 1970, il acquiert la nationalité britannique et effectue des études à l'université de Sussex. Au début des années 1980, il se convertit à l'islam et voyage en Afghanistan pour participer à la lutte contre l'occupation soviétique. C'est pendant cette période qu'il rencontre Ayman al-Zawahiri et Osama bin Laden.
En 1984, il retourne en Angleterre et ouvre un centre islamique à Finsbury Park à Londres. Il y prêche une forme radicale d'islam qu'il est accusé de vouloir imposer à l'Angleterre par la force. En 1996, il est arrêté par les autorités britanniques et déporté vers son pays d'origine, le Maroc.
En 1997, après avoir été condamné pour des infractions liées à son activité islamiste en Angleterre, Al Mouhajer est expulsé du Maroc par les autorités marocaines et se réfugie alors en Afghanistan. En 2001, il revient brièvement en Grande-Bretagne pour une audience devant la cour de justice mais est rapidement arrêté par la police.
En avril 2004, Al Mouhajer est extradé vers les États-Unis où il est inculpé pour des infractions liées à son activité islamiste. Il est finalement condamné à quinze ans de prison en 2011 pour son implication dans la création d'un camp d'entraînement terroriste au Yémen et pour avoir prêché la haine contre les États-Unis.
Al Mouhajer est considéré comme un éminent leader islamique radical, ayant joué un rôle important dans le développement d'Al-Qaïda en Europe. Il est également connu pour son activité de prédicateur, à travers laquelle il appelle au djihad contre les Occidentaux et préconise des attentats-suicides comme moyen de mettre fin à l'occupation israélienne de la Palestine.